Vou começar, aos poucos, a indicar softwares para uso em pesquisas na área de Química ou até mesmo para uso em sala de aula, com finalidades didáticas.
O programinha que eu quero apresentar a vocês hoje é o Avogadro.
E o que ele faz?
Com ele, você pode construir estruturas moleculares em 3 dimensões, alternar entre diversos modos de renderização e até mesmo rodar uma pequena simulação de mecânica molecular a fim de otimizar a geometria da molécula. O programa pode ser usado como um gerador de input para os principais programas de cálculo ab initio (GAUSSIAN, GAMESS, etc). Só não vá esperando que ele substitua interfaces mais antigas como o GassView, o programa ainda está em fase inicial de desenvolvimento e é Open Source. Ele tem uma vantagem bem grande em relação a outros programas similares, é multi-plataforma. Isso significa que você pode instalar no Linux, no Mac, no PC, etc.Acesse a página oficial e baixe já sua cópia.http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page